France : l'épidémie de grippe s'intensifie, l'épidémie de bronchiolite est derrière nous dans l'Hexagone et l'activité du covid 19 continue à diminuer

Publié le 26 jan. 2024 à 18h34

Biographie

Médecin biologiste.

En France, en semaine 3 de 2024, l'activité des infections respiratoires aigües est en augmentation en médecine de ville et globalement stable à l'hôpital.

1. Grippe saisonnière

L'épidémie de grippe s'intensifie avec une augmentation des indicateurs dans l’Hexagone.

Selon les données SOS Médecins, l’activité en médecine de ville était en augmentation (15,3% des actes médicaux soit +4,2 points vs S2/2024). A l’hôpital, les indicateurs aux urgences sont en légère hausse (2,2% des passages aux urgences soit +0,8 point vs S2/2024 et 2% des hospitalisations après passage aux urgence soit +0,7 point).

Dans l'Hexagone, toutes les régions étaient en épidémie, après le passage en phase épidémique de la Bretagne et de la Normandie.

Les taux de positivité des prélèvements en ville et à l’hôpital sont en augmentation en médecine de ville avec un taux de positivité de 41,4% soit +9,9 points vs S2/2024) et à l'hôpital avec une taux de 14,3% soit +4,4 points vs S2/2024.

Depuis la S40, 211 cas graves de grippe ont été signalés, dont 82% avaient plus de 18 ans et 36% 65 ans ou plus. Pour les 180 cas pour lesquels le virus a été typé, 177(98%) virus de type A ont été identifiés. Parmi les 137 cas pour lesquels le statut vaccinal était renseigné, 114 (83%) n’étaient pas vaccinés contre la grippe. Seize décès ont été signalés, dont 9 chez les 65 ans ou plus (données non consolidées).

En ville, parmi les 2 592 prélèvements testés depuis la semaine 40, 303 virus grippaux ont été détectés, la très grande majorité étaient de type A : 216 A(H1N1)pdm09, 62 A(H3N2), 23 A non sous-typés, 1 B/Victoria et 1 B lignage non déterminé A l'hôpital, parmi les 196 438 prélèvements testés depuis la semaine 40, 9 290 se sont avérés positifs pour un virus grippal (4,7%), dont 7 957 virus de type A non sous-typés, 829 A(H1N1)pdm09, 324 A(H3N2) et 180 virus de type B.

Les analyses de caractérisations antigénique et génétique réalisées par le CNR des virus respiratoires sur les virus grippaux A(H3N2) et A(H1N1)pdm09 co-circulant ces dernières semaines indiquent que :

  • les virus A(H1N1)pdm09 caractérisés sont antigéniquement apparentés à la souche vaccinale présente dans le vaccin hémisphère nord 2023-24 (A/Victoria/4897/2022 clade 5a.2a.1). Le séquençage montre que les virus circulants appartiennent aux clades 5a.2a ou 5a.2a.1. Actuellement les virus A(H1N1)pdm09 sont majoritaires et le profil antigénique des virus permet d’anticiper une bonne efficacité du vaccin.
  • les virus A(H3N2) caractérisés présentent un profil antigénique non totalement apparenté à la souche vaccinale présente dans le vaccin hémisphère nord 2023-24 (A/Darwin/9/2021 clade 2a). Ils sont antigéniquement apparentés aux souches du clade 2a.3a.1 présent dans le vaccin hémisphère sud 2024 (A/Thaïland/8/2022 et A/Massachusetts/18/2022). Le séquençage montre que les virus circulants appartiennent aux clades 2a.3a ou 2a.3a.1, ce dernier clade étant actuellement majoritaire parmi les H3N2. Pour les virus A(H3N2), la protection vaccinale pourrait être plus faible.

Dans les DROM, la Guyane et la Guadeloupe restaient en épidémie cette semaine et la Martinique passait en phase épidémique. Mayotte restait en phase post-épidémique.

Les estimations de la couverture vaccinale (CV) grippe au 30/11/2023 chez les personnes à risque ciblées par la vaccination indiquaient une CV à 38,0%, avec 42,8% chez les 65 ans et plus et 20,9% chez les moins de 65 ans à risque de grippe sévère.

2. Bronchiolite

En France hexagonale, la diminution des indicateurs de la bronchiolite se poursuit, excepté une stabilisation à un niveau modéré des actes médicaux SOS Médecins. Chez les moins de 2 ans, la bronchiolite représente respectivement 4,1% (+0,2 points vs S2/2024), 7,6% (-1,2 points) et 15,5% (-3,2 points) des actes de SOS médecins, des passages aux urgences et des hospitalisations après passage aux urgences.

Le taux de positivité pour le VRS dans les prélèvements naso-pharyngés tous âges était en diminution en ville (1% soit -1,7 points vs S2/2024) et en milieu hospitalier (3,5% soit -0,8 points).

En semaine 03/2024, sept régions de l’Hexagone sont en phase post-épidémique de bronchiolite (Corse, Provence-Alpes-Côte d'Azur, Auvergne-Rhône-Alpes, Occitanie, Nouvelle-Aquitaine, Bourgogne-Franche-Comté et Centre-Val de Loire) et six régions sont revenues au niveau de base (Bretagne, Pays de Loire, Ile de France,Hauts-de-France, Grand Est et Normandie).

Dans les départements et régions d’outre-mer, la Guadeloupe, La Réunion et Mayotte restaient en épidémie tandis que la Martinique et la Guyane passaient en post-épidémie.

3. Covid 19

Concernant le covid, les indicateurs syndromiques continuaient de baisser en ville et à l'hôpital dans toutes les classes d’âge, tout comme les taux de positivité.

Depuis la S40, 540 cas graves de covid ont été signalés, dont 93% étaient âgés de plus de 18 ans et 63% de 65 ans ou plus. Parmi eux, la majorité étaient des hommes (66%) et la présence de comorbidité était reportée pour 89% des cas. Quatre-vongt sept décès ont été signalés, dont 69 chez les 65 ans et plus (données non consolidées). Sur les 276 cas pour lesquels les informations concernant la vaccination étaient connues, seuls 16 avaient bénéficié d'un rappel datant de moins de 6 mois.

Le taux de positivité des prélèvements étaient en diminution en médecine de ville (6,3% soit -4,3 points vs S2/2024) et à l'hôpital (8,4% soit -2,6%). Le taux de positivité des tests en laboratoires de biologie médicale était de 8% (-2 points vs S2/2024). Dans les eaux usées, le nombre de positif a chuté de 70,2%.

Concernant la surveillance génomique, le variant BA.2.86 a été remplacé en tant que VOI par son sous-lignage JN.1, car il est majoritaire en France et porte l’augmentation de BA.2.86 au niveau mondial. Le variant JN.1 en France hexagonale représentait autour de 82-84% des séquences interprétables des enquêtes Flash du 26/12/2023 et du 02/01/2024 (contre 78% pour celle du 18/12/203). A noter que l'enquête Flash du 02/01/2024 n'est pas encore consolidée avec seulement 80 séquences interprétables à ce jour. Le variant EG.5, dont la circulation continue de diminuer, représente respectivement 6% et 5% des séquences interprétables des enquêtes Flash du 26/12/2023 et du 02/01/2024. Ces tendances montrent la mise en place d’une transition entre une co-circulation avec XBB* (avec ses sous-lignages) vers une circulation dominante de JN.1.

A l’issue de la semaine 03/2024, la couverture vaccinale covid de la campagne d’automne 2023 pour les personnes âgées de 65 ans n'a quasiment pas progressé. Elle est de de 29,7% (+0,3% vs S2/2024) [21,5% des 65-69 ans (+0,2), 27,1% (+0,1) des 70-74 ans, 35,4% des 75-79 ans (+0,3) et 35,9% (+0,3)  des 80 ans et plus].

Les couvertures vaccinales chez les professionnels de santé pour la campagne d’automne 2023 à l’issue de la semaine 03 étaient estimées à 9,7% pour ceux exerçant en Ehpad, 10,9% pour les libéraux et 12,0% pour ceux exerçant en établissement de santé. Pour les résidents en Ehpad, du fait d’un délai de saisie dans l’outil Vaccin Covid des vaccinations contre la Covid-19 réalisées, de nouvelles estimations de couverture vaccinale seront publiées d’ici la fin de la saison.

Dans ce contexte, l’adoption systématique des gestes barrières en complément de la vaccination demeure un moyen efficace pour se prémunir des infections respiratoires et de leurs complications en limitant le risque de transmission de ces virus à l’entourage : le port du masque en cas de symptômes, dans les lieux fréquentés et en présence de personnes vulnérables, le lavage des mains et l’aération régulière des lieux clos.

Source : Santé publique France.