France : l'épidémie de grippe se poursuit, l'épidémie de bronchiolite est derrière nous dans l'Hexagone et les indicateurs du covid 19 sont en baisse ou stable à un niveau faible

Publié le 1 fév. 2024 à 16h20

Biographie

Médecin biologiste.

En France, en semaine 4 de 2024, l'activité des infections respiratoires aigües est en augmentation en médecine de ville et à l'hôpital.

1. Grippe saisonnière

L'épidémie de grippe se poursuit avec une forte augmentation des indicateurs dans l’Hexagone.

Selon les données SOS Médecins, l’activité en médecine de ville était en augmentation (17,9% des actes médicaux soit +2,6 points vs S3/2024). A l’hôpital, les indicateurs aux urgences sont en légère hausse (la grippe représente 3,2% des passages aux urgences soit +0,9 point vs S3/2024 et 2,9% des hospitalisations après passage aux urgence soit +0,7 point).

Dans l'Hexagone, toutes les régions étaient en épidémie.

Les taux de positivité des prélèvements en ville et à l’hôpital sont en augmentation en médecine de ville avec un taux de positivité de 59,3% soit +15,7 points vs S3/2024) et à l'hôpital avec une taux de 20,6% soit +6 points vs S3/2024.

Depuis la S40, 288 cas graves de grippe ont été signalés, dont 84% avaient plus de 18 ans et 36% 65 ans ou plus. Pour les 247 cas pour lesquels le virus a été typé, 244 (99%) virus de type A ont été identifiés. Parmi les 180 cas pour lesquels le statut vaccinal était renseigné, 149 (83%) n’étaient pas vaccinés contre la grippe. Trente et un décès ont été signalés, dont 16 chez les 65 ans ou plus (données non consolidées).

En ville, parmi les 2 820 prélèvements testés depuis la semaine 40, 438 virus grippaux ont été détectés, la très grande majorité étaient de type A : 315 A(H1N1)pdm09, 99 A(H3N2), 22 A non sous-typés, 1 B/Victoria et 1 B lignage non déterminé A l'hôpital, parmi les 211 260 prélèvements testés depuis la semaine 40, 12 135 se sont avérés positifs pour un virus grippal (5,7%), dont 10 315 virus de type A non sous-typés, 1 199 A(H1N1)pdm09, 420 A(H3N2) et 201 virus de type B.

Les analyses de caractérisations antigénique et génétique réalisées par le CNR des virus respiratoires sur les virus grippaux A(H3N2) et A(H1N1)pdm09 co-circulant ces dernières semaines indiquent que les virus présentent toujours le même profil :

  • les virus A(H1N1)pdm09 caractérisés sont antigéniquement apparentés à la souche vaccinale présente dans le vaccin hémisphère nord 2023-24 (A/Victoria/4897/2022 clade 5a.2a.1). Le séquençage montre que les virus circulants appartiennent aux clades 5a.2a ou 5a.2a.1. Actuellement les virus A(H1N1)pdm09 sont majoritaires et le profil antigénique des virus permet d’anticiper une bonne efficacité du vaccin.
  • les virus A(H3N2) caractérisés présentent un profil antigénique non totalement apparenté à la souche vaccinale présente dans le vaccin hémisphère nord 2023-24 (A/Darwin/9/2021 clade 2a). Ils sont antigéniquement apparentés aux souches du clade 2a.3a.1 présent dans le vaccin hémisphère sud 2024 (A/Thaïland/8/2022 et A/Massachusetts/18/2022). Le séquençage montre que les virus circulants appartiennent aux clades 2a.3a ou 2a.3a.1, ce dernier clade étant actuellement majoritaire parmi les H3N2. Pour les virus A(H3N2), la protection vaccinale pourrait être plus faible.

Dans les DROM, la Guyane, Guadeloupe et la Martinique restaient en épidémie cette semaine.

Les estimations de la couverture vaccinale (CV) grippe au 30/11/2023 chez les personnes à risque ciblées par la vaccination indiquaient une CV à 38,0%, avec 42,8% chez les 65 ans et plus et 20,9% chez les moins de 65 ans à risque de grippe sévère.

2. Bronchiolite

En France hexagonale, l'ensemble des régions est hors épidémie de bronchiolite.

Les indicateurs de la bronchiolite se stabilisent ou sont en légère augmentation. Chez les moins de 2 ans, la bronchiolite représente respectivement 4,4% (+0,3 points vs S3/2024), 7,9% (-0,2 points) et 16,2% (+0,6 points) des actes de SOS médecins, des passages aux urgences et des hospitalisations après passage aux urgences.

Le taux de positivité pour le VRS dans les prélèvements naso-pharyngés tous âges était en diminution en ville (2,1% soit -0,6 points vs S3/2024) et en milieu hospitalier (2,4% soit -0,8 points).

En semaine 03/2024, sept régions de l’Hexagone sont en phase post-épidémique de bronchiolite (Corse, Provence-Alpes-Côte d'Azur, Auvergne-Rhône-Alpes, Occitanie, Nouvelle-Aquitaine, Bourgogne-Franche-Comté et Centre-Val de Loire) et six régions sont revenues au niveau de base (Bretagne, Pays de Loire, Ile de France,Hauts-de-France, Grand Est et Normandie).

Dans les départements et régions d’outre-mer, la Guadeloupe, La Réunion et Mayotte restaient en épidémie tandis que la Martinique restait en phase post-épidémique et que la Guyane revenait à un niveau de base.

3. Covid 19

Concernant le covid, l'ensemble des indicateurs est en baisse ou stable à un niveau faible. 

Depuis la S40, 556 cas graves de covid ont été signalés, dont 93% étaient âgés de plus de 18 ans et 63% de 65 ans ou plus. Parmi eux, la majorité étaient des hommes (66%) et la présence de comorbidité était reportée pour 89% des cas. Quatre-vingt treize décès ont été signalés, dont 74 chez les 65 ans et plus (données non consolidées). Sur les 282 cas pour lesquels les informations concernant la vaccination étaient connues, seuls 18 avaient bénéficié d'un rappel datant de moins de 6 mois.

Le taux de positivité des prélèvements étaient en diminution en médecine de ville (5,2% soit -2 points vs S3/2024) et à l'hôpital (7,1% soit -%).1,3 Le taux de positivité des tests en laboratoires de biologie médicale était de 6,5% (-1,5 points vs S3/2024). Dans les eaux usées, le nombre de positif a chuté de 69%.

Concernant la surveillance génomique, le variant BA.2.86 a été remplacé en tant que VOI par son sous-lignage JN.1, car il est majoritaire en France et porte l’augmentation de BA.2.86 au niveau mondial. Le variant JN.1 en France hexagonale représentait 86% des séquences interprétables des enquêtes Flash du 08/01/2024 (contre 84% pour celle du 02/01/2024). Le variant EG.5 continue à être détecté mais à un niveau faible. Ces tendances montrent la mise en place d’une transition entre une co-circulation avec XBB* (avec ses sous-lignages) vers une circulation dominante de JN.1.

A l’issue de la semaine 04/2024, la couverture vaccinale covid de la campagne d’automne 2023 pour les personnes âgées de 65 ans n'a pas progressé. Elle est toujours de 29,7%.

Les couvertures vaccinales chez les professionnels de santé pour la campagne d’automne 2023 à l’issue de la semaine 03 étaient estimées à 9,7% pour ceux exerçant en Ehpad, 10,9% pour les libéraux et 12,0% pour ceux exerçant en établissement de santé. Pour les résidents en Ehpad, du fait d’un délai de saisie dans l’outil Vaccin Covid des vaccinations contre la Covid-19 réalisées, de nouvelles estimations de couverture vaccinale seront publiées d’ici la fin de la saison.

Source : Santé publique France.